每逢地方提刑按察使司有案件公开审理，当地锦衣卫和御史主官都要亲临现场听审，锦衣卫还会对案件的来龙去脉做出详细调查，最后与案件终审判决结果一起作为档案归拢收藏，以备上一级提刑按察使司复核时使用。
朱由检认为，司法的公正和公平，是最能让天下黎庶不为滥权伤害的具体体现。所以他一再对锦衣卫堂官们提及此事，要求各地锦衣卫所一定要把监督司法权作为头等大事来抓，任何时候都不可松懈怠慢，锦衣卫南镇抚司更要定期派员划片暗访，一旦发现亲军内部有渎职懈怠者，立刻革职拿问，并且要施行连坐，对拔擢犯事者之人也要追责。
朱由检还特地下旨，取消了百姓无论被告还是原告，一旦进了衙门就要首先被打板子的这一执行了多年的恶政，从而把老百姓最基本的公平权确立了起来，让天下普通民众能够慢慢树立起有冤屈尽可以大胆告状的观念，不再视恶政如虎而敢怒不敢言。
其实自古以来，历朝历代不论是朝廷还是各级官府中，对老百姓危害最大的不是官员，而是各级衙门、尤其是基层县衙里的吏员，这些吏员手握的才是实权，他们才是真正代表官府与老百姓直接打交道的人。
阎王好见、小鬼难缠，古谚从来都是最精辟的总结。
朝廷大老爷制订的政策初衷大部分是好的，但是在执行过程中，这些吏员便会利用其中的漏洞上下其手，打着朝廷的旗号对百姓们进行盘剥逼迫，最后自己捞的盘满钵满，朝廷的策略却最终失败，而百姓们却因为自身利益受到损害，从而把满腔的恨意归结到朝廷身上，最终这些恨意和怒火在积累到一定程度后，会因某个契机而全面爆发，进而造成整个社会的巨大动荡。
在取消了对吏员升迁的各种歧视和限制、将其纳入吃皇粮的一员、解散附属于他们的白役（临时工）后，吏员群体的面貌顿时有了极大改观，诸多能力突出的吏员，已经把精力集中在如何干出一番成绩、从而取得官身并且继续升迁的方向上，日常与百姓打交道时也学会了大老爷们那种和善的做派，处置相关事务时也是依律而行，不再以寻求以盘剥苛虐为目的。
与前程和所带来的更大利益相比，盘剥一百户老百姓得到的利益，还不如升迁后一年的俸禄所得，再说，现在不同往时，锦衣卫那帮人对吏员下手可是狠辣无比，一旦被其盯上根本没得跑。
在朱由检的严厉要求下，各地卫所对吏员的监督异常严格，数年来已经打掉了上百名当地以盘剥致富的胥吏家族，软硬兼施、双管齐下，吏治不想清明都难。
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