求之不得；何况，桂系军阀毕竟是雄踞西南割据一方的实力派；为了争取陆荣廷一起护法，孙中山也就不想为了一个省长之位与其闹僵。
而胡汉民也顾全大局，他禀承了孙中山的意旨，便向广东省议会辞谢了省长之职；同时，顺了陆荣廷之意举荐李耀汉代之。
于是，广东省议会重新选举李耀汉为广东省长；如此，陆荣廷无话可了，只得也兑现承诺与孙中山联手护法对付北洋政府了。
且此时的滇系军阀首领唐继尧，因见段祺瑞大肆扩充实力，有欲鲸吞一切的野心；也表示了“愿与孙中山联手，共同对付段祺瑞”，以防段祺瑞兵吞西南。
就这样，桂系、滇系与孙中山的革命党人，三方结成了护法联盟，并准备起兵北上护法了。
因段祺瑞没有恢复国会，仍闲散于各地旧国会议员见孙中山在广州号召护法了，有些则也赶赴广州参与护法，以一舒多日的胸中郁闷且伸张正义。
不久，即有一百五十余名国会议员聚集广州；议员们汇聚广州后，有人建议在广州恢复国会；此议一出，众皆赞同。但是，因当时在广州的议员不够召开国会所需的法定人数，一时犯了难。但很快的，又有人提议：“法国大革命前夕，处于被统治地位的第三等级代表，也在不足法定人数的情况下，召开过国民议会；他国已有先例，何不仿效而行？”这一提议又得到了大家的支持。于是，决定在广州召开国会非常会议即俗称的非常国会。
一九一七年八月二十五日，非常国会在广东咨议局内召开。会上，议员们谴责了段祺瑞的倒行逆施；且鉴于北洋政府已抛弃了《临时约法》，议员们皆视北洋政府为非法了。于是，非常国会议决在广州成立中华民**政府，以维护《临时约法》。
为此，非常国会还制订并通过了《中华民**政府组织大纲》；《组织大纲》共十三条，阐明了成立中华民**政府目的是为戡定叛乱、恢复《临时约法》；并规定，中华民**政府设大元帅一人，元帅二人；下设外交、内务、财政、陆军、海军、交通等六个部；而凡各省督军赞助军政府或举全省兵力宣布与非法政府断绝关系者，均任为军政府之都督。同时，还明确了，在《临时约法》完全恢复效力前，中华民国之行政权由大元帅行使；大元帅对外则代表中华民国，而元帅为大元帅之辅。
接着，非常国会推选孙中山为中华民**政府海陆军大元帅，唐继尧、陆荣廷为元帅。
然后，经孙中山提议，非常国会又通过了对各部总长的任命；伍廷芳任外交总长，孙洪伊任内政总长，唐绍仪任财政总长，张开儒任陆军总长，程璧光任海军总长，胡汉民任交通总长；同时，又任命章太炎为军政府秘书长，李烈钧、林葆怿、李福林、许崇智、方声涛、陈炯明等人均授以军中要职。
一九一七年九月十日，孙中山向非常国会宣誓就职；至此，中华民**政府正式宣告成立，简称军政府；因为，址在广州，又称广州军政府；又因成立军政府的宗旨在于护法，故又称护法军政府。
孙中山宣誓就职后，即以军政府大元帅名义下令讨伐段祺瑞；并计划以滇、黔、桂、粤等省陆军及程璧光的海军，组成护法联军共约十五万人，兵分三路由湘、川、闽进军。就这样，由孙中山发起和领导、以维护《临时约法》为宗旨，以粤、滇、桂为基地的护法运动拉开帷幕了。
且，段祺瑞闻知桂系、滇系与孙中山结盟并在广州成立了军政府，与他的北洋政府分庭抗礼并欲北上护法，吃惊之余又为自己欲令其内讧之目的未能达到而深感失望。不过，此时的段祺瑞因有了大笔的“西原借款充作军资，已使皖系军阀实力大增；因此，段祺瑞倒是有恃无恐，反而恨不得立即派兵南下用武力镇压，一口将广州军政府吞啮掉，并趁机踏平西南统
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